Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
HERPUD2Q9BSE4 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
HERPUD2Q9BSE4 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms