Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
TRERF1Q96PN7 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRERF1Q96PN7 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms