Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS53Q5VIR6 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS53Q5VIR6 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms