Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
SCN9AQ15858 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN9AQ15858 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
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