Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
USP4Q13107 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
USP4Q13107 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
USP4Q13107 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
USP4Q13107 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP4Q13107 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
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