Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC33.65■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC33.65■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC33.65■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC33.64■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC33.64■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC33.64■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC33.64■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC33.64■■■□□ 2.98
CCDC88BA6NC98 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.63■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC33.63■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC33.63■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC33.63■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC33.63■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC33.63■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.63■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC33.63■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC33.63■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC33.62■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC33.62■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC33.62■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC33.62■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC33.62■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC33.62■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC33.62■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC33.59■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC33.59■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC33.59■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC33.59■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC33.57■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC33.57■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC33.57■■■□□ 2.97
CCDC88BA6NC98 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC33.57■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC33.57■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms