Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHANK3Q9BYB0 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SHANK3Q9BYB0 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SHANK3Q9BYB0 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
SHANK3Q9BYB0 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
SHANK3Q9BYB0 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
SHANK3Q9BYB0 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC25.14■■□□□ 1.61
SHANK3Q9BYB0 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.61
SHANK3Q9BYB0 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
SHANK3Q9BYB0 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHANK3Q9BYB0 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHANK3Q9BYB0 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHANK3Q9BYB0 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHANK3Q9BYB0 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms