Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG1P18858 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG1P18858 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG1P18858 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG1P18858 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG1P18858 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG1P18858 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG1P18858 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG1P18858 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG1P18858 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG1P18858 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG1P18858 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG1P18858 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG1P18858 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG1P18858 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG1P18858 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG1P18858 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG1P18858 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG1P18858 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG1P18858 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC22.27■■□□□ 1.15
LIG1P18858 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG1P18858 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG1P18858 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG1P18858 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG1P18858 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG1P18858 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG1P18858 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG1P18858 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG1P18858 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG1P18858 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG1P18858 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG1P18858 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG1P18858 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG1P18858 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG1P18858 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG1P18858 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG1P18858 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG1P18858 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG1P18858 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG1P18858 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG1P18858 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG1P18858 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG1P18858 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG1P18858 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG1P18858 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG1P18858 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG1P18858 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG1P18858 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG1P18858 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG1P18858 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG1P18858 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG1P18858 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms