Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP4AQ9BY43 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP4AQ9BY43 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms