Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60 ms