Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SCN1BQ07699 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
SCN1BQ07699 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.2 ms