Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
COL4A3Q01955 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC19.83■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC19.81■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC19.8■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.8■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC19.8■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC19.8■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC19.8■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC19.79■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
COL4A3Q01955 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms