Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL3A1P02461 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms