Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMCH1Q9UPQ0 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms