Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC22.45■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC39Q9UFE4 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.4 ms