Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.82
HERPUD2Q9BSE4 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HERPUD2Q9BSE4 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms