Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms