Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SKA3Q8IX90 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms