Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF3Q68DE3 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms