Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
TCOF1Q13428 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
TCOF1Q13428 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
TCOF1Q13428 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
TCOF1Q13428 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
TCOF1Q13428 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
TCOF1Q13428 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
TCOF1Q13428 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
TCOF1Q13428 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
TCOF1Q13428 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
TCOF1Q13428 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
TCOF1Q13428 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
TCOF1Q13428 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
TCOF1Q13428 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.3
TCOF1Q13428 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
TCOF1Q13428 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
TCOF1Q13428 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
TCOF1Q13428 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
TCOF1Q13428 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
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TCOF1Q13428 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
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TCOF1Q13428 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
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TCOF1Q13428 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
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TCOF1Q13428 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC29.36■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC29.35■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.35■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC29.34■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC29.34■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
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