Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP3Q9Y6I4 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms