Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.9 ms