Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMCH1Q9UPQ0 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms