Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
NUP88Q99567 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
NUP88Q99567 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NUP88Q99567 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
NUP88Q99567 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NUP88Q99567 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NUP88Q99567 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NUP88Q99567 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
NUP88Q99567 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NUP88Q99567 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NUP88Q99567 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
NUP88Q99567 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms