Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA4Q00056 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms