Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
SCN3AQ9NY46 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN3AQ9NY46 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.3 ms