Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.1 ms