Protein–RNA interactions for Protein: P61968

LMO4, LIM domain transcription factor LMO4, humanhuman

Predictions only

Length 165 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMO4P61968 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LMO4P61968 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LMO4P61968 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LMO4P61968 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LMO4P61968 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LMO4P61968 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LMO4P61968 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LMO4P61968 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LMO4P61968 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LMO4P61968 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LMO4P61968 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LMO4P61968 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LMO4P61968 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LMO4P61968 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LMO4P61968 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LMO4P61968 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LMO4P61968 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LMO4P61968 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LMO4P61968 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
LMO4P61968 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
LMO4P61968 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms