Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
CUX1P39880 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC32.91■■■□□ 2.86
CUX1P39880 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC32.91■■■□□ 2.86
CUX1P39880 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
CUX1P39880 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
CUX1P39880 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
CUX1P39880 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC32.9■■■□□ 2.86
CUX1P39880 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
CUX1P39880 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
CUX1P39880 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
CUX1P39880 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC32.9■■■□□ 2.86
CUX1P39880 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC32.9■■■□□ 2.86
CUX1P39880 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
CUX1P39880 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
CUX1P39880 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.9■■■□□ 2.86
CUX1P39880 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
CUX1P39880 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
CUX1P39880 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
CUX1P39880 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC32.89■■■□□ 2.86
CUX1P39880 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
CUX1P39880 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC32.89■■■□□ 2.86
CUX1P39880 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC32.89■■■□□ 2.86
CUX1P39880 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC32.89■■■□□ 2.86
CUX1P39880 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC32.89■■■□□ 2.86
CUX1P39880 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
CUX1P39880 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
CUX1P39880 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
CUX1P39880 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.89■■■□□ 2.86
CUX1P39880 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC32.88■■■□□ 2.85
CUX1P39880 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC32.88■■■□□ 2.85
CUX1P39880 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
CUX1P39880 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC32.88■■■□□ 2.85
CUX1P39880 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC32.88■■■□□ 2.85
CUX1P39880 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
CUX1P39880 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC32.88■■■□□ 2.85
CUX1P39880 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC32.88■■■□□ 2.85
CUX1P39880 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC32.88■■■□□ 2.85
CUX1P39880 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC32.88■■■□□ 2.85
CUX1P39880 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC32.88■■■□□ 2.85
CUX1P39880 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC32.88■■■□□ 2.85
CUX1P39880 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.88■■■□□ 2.85
CUX1P39880 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
CUX1P39880 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
CUX1P39880 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
CUX1P39880 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.87■■■□□ 2.85
CUX1P39880 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC32.87■■■□□ 2.85
CUX1P39880 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC32.87■■■□□ 2.85
CUX1P39880 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC32.87■■■□□ 2.85
CUX1P39880 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC32.87■■■□□ 2.85
CUX1P39880 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
CUX1P39880 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
CUX1P39880 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC32.87■■■□□ 2.85
CUX1P39880 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
CUX1P39880 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
CUX1P39880 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
CUX1P39880 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
CUX1P39880 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC32.87■■■□□ 2.85
CUX1P39880 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
CUX1P39880 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
CUX1P39880 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC32.87■■■□□ 2.85
CUX1P39880 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC32.87■■■□□ 2.85
CUX1P39880 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC32.86■■■□□ 2.85
CUX1P39880 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
CUX1P39880 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC32.86■■■□□ 2.85
CUX1P39880 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
CUX1P39880 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC32.86■■■□□ 2.85
CUX1P39880 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
CUX1P39880 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
CUX1P39880 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
CUX1P39880 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC32.86■■■□□ 2.85
CUX1P39880 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC32.86■■■□□ 2.85
CUX1P39880 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC32.86■■■□□ 2.85
CUX1P39880 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC32.86■■■□□ 2.85
CUX1P39880 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
CUX1P39880 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
CUX1P39880 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
CUX1P39880 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
CUX1P39880 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.85■■■□□ 2.85
CUX1P39880 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.85■■■□□ 2.85
CUX1P39880 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
CUX1P39880 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC32.85■■■□□ 2.85
CUX1P39880 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC32.85■■■□□ 2.85
CUX1P39880 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC32.85■■■□□ 2.85
CUX1P39880 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
CUX1P39880 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
CUX1P39880 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC32.85■■■□□ 2.85
CUX1P39880 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
CUX1P39880 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
CUX1P39880 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC32.85■■■□□ 2.85
CUX1P39880 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
CUX1P39880 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
CUX1P39880 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.84■■■□□ 2.85
CUX1P39880 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
CUX1P39880 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
CUX1P39880 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
CUX1P39880 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.84■■■□□ 2.85
CUX1P39880 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
CUX1P39880 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
CUX1P39880 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
CUX1P39880 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms