Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG1P18858 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG1P18858 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG1P18858 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG1P18858 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG1P18858 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG1P18858 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG1P18858 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG1P18858 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG1P18858 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG1P18858 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG1P18858 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG1P18858 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG1P18858 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG1P18858 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG1P18858 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG1P18858 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG1P18858 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG1P18858 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIG1P18858 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
LIG1P18858 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
LIG1P18858 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIG1P18858 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIG1P18858 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIG1P18858 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms