Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC21.64■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC21.64■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.06
COL6A1P12109 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms