Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
ZNF541Q9H0D2 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
ZNF541Q9H0D2 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
ZNF541Q9H0D2 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
ZNF541Q9H0D2 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
ZNF541Q9H0D2 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
ZNF541Q9H0D2 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
ZNF541Q9H0D2 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZNF541Q9H0D2 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms