Protein–RNA interactions for Protein: Q8TAU0

NKX2-3, Homeobox protein Nkx-2.3, humanhuman

Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-3Q8TAU0 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NKX2-3Q8TAU0 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms