Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.38
SCN1BQ07699 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SCN1BQ07699 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms