Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms