Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms