Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z3V4

UBE3B, Ubiquitin-protein ligase E3B, humanhuman

Predictions only

Length 1,068 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE3BQ7Z3V4 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3BQ7Z3V4 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
UBE3BQ7Z3V4 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms