Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 SIRT7-206ENST00000571832 2511 ntTSL 218.81■□□□□ 0.61e-7■■■■■ 33.4
SF3B4Q15427 SIRT7-211ENST00000572976 2916 ntTSL 212.85□□□□□ -0.351e-7■■■■■ 33.4
SF3B4Q15427 SIRT7-217ENST00000574992 3445 ntTSL 210.95□□□□□ -0.661e-7■■■■■ 33.4
SF3B4Q15427 LARP1-201ENST00000336314 6595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.515e-9■■■■■ 33.4
SF3B4Q15427 SLC38A3-206ENST00000614032 2978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.74□□□□□ -0.694e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.843e-15■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.173e-15■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 ATP5B-206ENST00000550162 863 ntTSL 211.9□□□□□ -0.58e-12■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 TUBGCP6-208ENST00000498611 5274 ntTSL 1 (best)17.01■□□□□ 0.312e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.142e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 DCAF11-217ENST00000559115 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.071e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 DCAF11-215ENST00000558914 2342 ntTSL 215.04■□□□□ -01e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 TUBGCP6-201ENST00000248846 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.192e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 DCAF11-204ENST00000446197 4299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.381e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 DCAF11-205ENST00000557802 4202 ntTSL 1 (best)12.19□□□□□ -0.461e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 DCAF11-201ENST00000326009 2570 ntTSL 1 (best)12.07□□□□□ -0.481e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 TUBGCP6-207ENST00000491449 4044 ntTSL 511.68□□□□□ -0.542e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 DCAF11-203ENST00000396941 2402 ntTSL 2 BASIC10.96□□□□□ -0.651e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 SEPT5-214ENST00000480423 563 ntTSL 415.97■□□□□ 0.153e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 DYNC1H1-208ENST00000556139 763 ntTSL 313.36□□□□□ -0.271e-6■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 RPL3-203ENST00000402527 1205 ntTSL 516.48■□□□□ 0.237e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 CRELD1-204ENST00000414117 723 ntTSL 513.36□□□□□ -0.279e-10■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 DNAJB12-205ENST00000463786 2116 ntTSL 218.54■□□□□ 0.568e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 OSBPL5-206ENST00000471998 2182 ntTSL 216.49■□□□□ 0.239e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 OSBPL5-214ENST00000532951 597 ntTSL 415.67■□□□□ 0.19e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 DDOST-205ENST00000477229 766 ntTSL 215.58■□□□□ 0.089e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 OSBPL5-219ENST00000534491 2224 ntTSL 1 (best)15.29■□□□□ 0.049e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 DDOST-202ENST00000415136 2126 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.039e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 OSBPL5-210ENST00000525498 2733 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -09e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.149e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.149e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 OSBPL5-203ENST00000389989 3619 ntTSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.169e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 OSBPL5-201ENST00000263650 3889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.29e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 OSBPL5-202ENST00000348039 2798 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.249e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 SUPV3L1-201ENST00000359655 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.289e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 DNAJB12-201ENST00000338820 4360 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.368e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 DDOST-203ENST00000464364 502 ntTSL 512.8□□□□□ -0.369e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 DNAJB12-202ENST00000394903 3198 ntTSL 1 (best) BASIC12.59□□□□□ -0.398e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 DNAJB12-204ENST00000461919 2369 ntTSL 2 BASIC12.51□□□□□ -0.418e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 DNAJB12-203ENST00000444643 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.448e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 OSBPL5-204ENST00000459995 594 ntTSL 410.99□□□□□ -0.659e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 PFKFB4-214ENST00000490404 849 ntTSL 38.78□□□□□ -19e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 TFDP2-224ENST00000499676 9335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.47□□□□□ -1.059e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 TFDP2-206ENST00000474279 379 ntTSL 27.24□□□□□ -1.259e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 TFDP2-211ENST00000479040 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.07□□□□□ -1.449e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 SUPV3L1-207ENST00000497254 666 ntTSL 24.88□□□□□ -1.639e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 CERCAM-203ENST00000411852 1176 ntTSL 523.46■■□□□ 1.356e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 CERCAM-204ENST00000420034 551 ntTSL 412.92□□□□□ -0.346e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 CERCAM-205ENST00000420512 887 ntTSL 312.56□□□□□ -0.46e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 CERCAM-206ENST00000447915 530 ntTSL 510.92□□□□□ -0.666e-7■■■■■ 33.3
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SF3B4Q15427 GUK1-220ENST00000471270 657 ntTSL 220.35■□□□□ 0.851e-8■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 GUK1-224ENST00000480056 544 ntTSL 315.41■□□□□ 0.061e-8■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 UBXN6-205ENST00000588238 4598 nt13.95□□□□□ -0.188e-7■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 CDC42BPG-202ENST00000468512 294 ntTSL 513.72□□□□□ -0.212e-6■■■■■ 33.3
SF3B4Q15427 SGSM3-210ENST00000480830 997 ntTSL 516.09■□□□□ 0.171e-8■■■■■ 33.3
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SF3B4Q15427 LPCAT4-207ENST00000567507 672 ntTSL 37.76□□□□□ -1.175e-25■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 CNOT6-205ENST00000507016 382 ntTSL 321.36■■□□□ 1.011e-14■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.617e-15■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 ASPSCR1-207ENST00000579684 564 ntTSL 315.12■□□□□ 0.017e-15■■■■■ 33.2
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SF3B4Q15427 SEC31A-206ENST00000436790 1717 ntTSL 1 (best)14.46□□□□□ -0.096e-7■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 NFKBIA-202ENST00000553342 212 ntTSL 518.65■□□□□ 0.582e-7■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 NFKBIA-205ENST00000555629 599 ntTSL 217.07■□□□□ 0.322e-7■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 TIMM44-210ENST00000599939 2227 nt18.82■□□□□ 0.64e-11■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 EIF4G1-234ENST00000478291 564 ntTSL 214.34□□□□□ -0.114e-11■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 PCBP2-202ENST00000359462 1814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.263e-7■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 PCBP2-215ENST00000549863 1619 ntTSL 5 BASIC12.92□□□□□ -0.343e-7■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 PCBP2-201ENST00000359282 1730 ntTSL 1 (best) BASIC11.2□□□□□ -0.623e-7■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 PCBP2-203ENST00000437231 3026 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC10.69□□□□□ -0.73e-7■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 PCBP2-205ENST00000447282 3077 ntTSL 5 BASIC10.45□□□□□ -0.743e-7■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 PCBP2-207ENST00000546463 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.7□□□□□ -1.023e-7■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 PCBP2-222ENST00000552296 1342 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC8.09□□□□□ -1.113e-7■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 CTSA-216ENST00000607212 590 ntTSL 413.66□□□□□ -0.223e-7■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 CTSA-218ENST00000607814 584 ntTSL 412.3□□□□□ -0.443e-7■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 TKT-209ENST00000466765 693 ntTSL 215.95■□□□□ 0.146e-8■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 AL022238.4-201ENST00000639722 4563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.451e-8■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 YARS-206ENST00000478828 1044 ntTSL 210.32□□□□□ -0.763e-8■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 AFDN-209ENST00000400825 963 ntTSL 525.97■■□□□ 1.753e-7■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 AFDN-208ENST00000400824 875 ntTSL 524.06■■□□□ 1.443e-7■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.273e-7■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 TAF11-202ENST00000420584 1465 ntTSL 2 BASIC11.5□□□□□ -0.573e-7■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 PRPF38B-205ENST00000485810 1352 ntTSL 23.79□□□□□ -1.81e-8■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 MKNK2-211ENST00000591142 875 ntTSL 2 BASIC7.79□□□□□ -1.162e-8■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 USP16-204ENST00000399976 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.9□□□□□ -1.32e-6■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 USP16-203ENST00000399975 2960 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC6.13□□□□□ -1.432e-6■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 USP16-201ENST00000334352 3004 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC5.97□□□□□ -1.452e-6■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 USP16-205ENST00000474835 3835 ntTSL 1 (best)4.23□□□□□ -1.732e-6■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.767e-12■■■■■ 33.2
SF3B4Q15427 PRRC2B-208ENST00000465931 5366 ntTSL 211.85□□□□□ -0.515e-12■■■■■ 33.1
SF3B4Q15427 DNM2-221ENST00000593203 2507 ntTSL 215.01□□□□□ -0.019e-7■■■■■ 33.1
SF3B4Q15427 POLR3E-208ENST00000564061 4800 ntTSL 1 (best)11.86□□□□□ -0.513e-7■■■■■ 33.1
SF3B4Q15427 TMEM63B-202ENST00000323267 3198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.241e-6■■■■■ 33.1
SF3B4Q15427 TMEM63B-201ENST00000259746 3318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.67□□□□□ -0.381e-6■■■■■ 33.1
SF3B4Q15427 DENND5A-214ENST00000531747 915 ntTSL 311.98□□□□□ -0.493e-8■■■■■ 33.1
SF3B4Q15427 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.92e-7■■■■■ 33.1
SF3B4Q15427 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.862e-7■■■■■ 33.1
SF3B4Q15427 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.822e-7■■■■■ 33.1
SF3B4Q15427 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.662e-7■■■■■ 33.1
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