Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
MSX1P28360 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
MSX1P28360 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
MSX1P28360 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
MSX1P28360 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms