Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD4P09016 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms