Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP53Q70EK8 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms