Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CTCFP49711 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CTCFP49711 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CTCFP49711 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CTCFP49711 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CTCFP49711 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CTCFP49711 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CTCFP49711 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CTCFP49711 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CTCFP49711 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CTCFP49711 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CTCFP49711 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CTCFP49711 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CTCFP49711 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CTCFP49711 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CTCFP49711 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CTCFP49711 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CTCFP49711 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms