Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP4O75161 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP4O75161 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms