Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4AQ9BY43 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms