Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC29.81■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC29.81■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC29.81■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC29.79■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC29.79■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC29.79■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC29.79■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC29.79■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC29.78■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC29.78■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC29.78■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC29.78■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
TCOF1Q13428 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC29.76■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC29.76■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC29.76■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.75■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC29.75■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC29.75■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
TCOF1Q13428 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
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