Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
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