Protein–RNA interactions for Protein: P61968

LMO4, LIM domain transcription factor LMO4, humanhuman

Predictions only

Length 165 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMO4P61968 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LMO4P61968 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LMO4P61968 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LMO4P61968 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LMO4P61968 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LMO4P61968 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LMO4P61968 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
LMO4P61968 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
LMO4P61968 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LMO4P61968 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LMO4P61968 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LMO4P61968 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LMO4P61968 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LMO4P61968 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LMO4P61968 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LMO4P61968 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
LMO4P61968 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LMO4P61968 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LMO4P61968 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
LMO4P61968 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LMO4P61968 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LMO4P61968 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
LMO4P61968 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
LMO4P61968 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 184.9 ms