Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
MSX1P28360 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
MSX1P28360 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
MSX1P28360 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
MSX1P28360 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms