Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMCH1Q9UPQ0 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms