Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS54Q9P1Q0 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS54Q9P1Q0 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.3 ms